Lo que queda hoy en día del complejo arqueológico de Q'enqo son rocas talladas que no pudieron ser destruidas por los españoles; queda poco de los caminos y acueductos, así como de los recintos, los depósitos o los baños litúrgicos, además de la gran capa de oro que iluminaba todo el lugar.
Q'enqo posiblemente fue utilizado por los incas como un centro de culto; sus pasajes, que se asemejan a un laberinto, tienen en sus flancos varios canales en forma de Amarus (serpientes), por los que corría la sangre de los sacrificios de animales, que solían ser los más hermosos y únicos; quizás esta fue la razón por la que los animales negros eran los elegidos. Algunos cronistas como Juan de Betanzos lo describen como "un acto salvaje cometido por los incas para sacrificar no solo animales, sino también recién nacidos que poseían una belleza especial; de acuerdo con los incas, estos seres nacían hermosos para unirse a los dioses".
Q'enqo tiene una sala de sacrificios en una de sus cámaras subterráneas, donde destaca una gran roca que, de acuerdo con los cronistas, estaba cubierta de oro. En la parte superior de la cámara se puede ver un agujero, que estaba exactamente encima de dicha roca. La luz de la luna penetraba por este agujero, irradiando a través de la capa dorada, iluminando todo el lugar. Algunos historiadores afirmaron que en Q'enqo se encuentra la tumba del Inca Pachacútec, el más importante de todos.